En el proceso de integración de los estudios de Marina Civil en la Universidad de Oviedo (RD1522/1988), se adscriben las asignaturas y los profesores de la Escuela Superior de Marina Civil de Gijón a la distintas áreas de conocimiento existentes en la Universidad de Oviedo, excepto en el caso del Área Ciencias y Técnicas de la Navegación, que se creó a tal efecto para dar cabida a las asignaturas y los profesores que actualmente la conforman, pasando a formar parte del Departamento de Construcción e Ingeniería de la Fabricación.
Caso diferente fue el del Área Construcciones Navales que no se creó en nuestra Universidad hasta enero de 1998, adscribiéndose en su momento al Departamento de Energía. En principio esta Área dio cabida a la mayoría de las asignaturas de carácter térmico impartidas en la Escuela S. de Marina C. de Gijón, así como a sus profesores.
Posteriormente, en noviembre de 2001, al tiempo que se aprueban los actuales planes de estudio de Marina Civil, se cambia la adscripción del Área de Construcciones Navales al Departamento de Construcción e Ingeniería de la Fabricación, integrándose el Área las asignaturas de específicas de construcciones navales que hasta entonces se adscribían a otras áreas de conocimiento del Departamento de de Construcción e Ingeniería de la Fabricación.
Como último paso de esta reorganización de asignaturas y profesores desde la integración de los estudios de Marina Civil en nuestra Universidad, el 14 de abril de 2008 por resolución del Rector se aprueba la creación del Departamento de Ciencia y Tecnología Náutica, que al fin integra a los dos Áreas de Conocimiento, Ciencias y Técnicas de la Navegación y Construcciones Navales, con todos sus medios personales y materiales que disponen. Una vez constituido el Departamento se establece su sede en la propia Escuela S. de Marina C. de Gijón, donde desarrolla su actividad.